Voor de wetenschappelijke fundering van het programmaonderzoek werkt EIM veelvuldig samen met onderzoekers aan vrijwel alle Nederlandse universiteiten. Daarbij is er van oudsher een strategisch samenwerkingsverband met de Erasmus Universiteit (EUR). Deze samenwerking verloopt via het Centre for Advanced Small Business Economics (CASBEC) van prof. dr. A.R. (Roy) Thurik, die ook wetenschappelijk adviseur is van het programmaonderzoek. Voor de kennistransfer wordt bovendien samen met het Erasmus Research Institute of Management (ERIM) een gezamenlijk Entrepreneurship Research Portal onderhouden.

Ook wordt in toenemende mate samengewerkt met andere organisaties en instellingen. Deze samenwerking kan de vorm hebben van coproductie en/of van cofinanciering.

Het programma heeft verder intensieve contacten met een internationaal netwerk van vooraanstaande onderzoekers op het gebied van MKB en ondernemerschap. Hierdoor dringen nieuwe inzichten van elders in de wereld doorgaans snel door tot het programmaonderzoek. Enkele bekende internationale wetenschappers, zoals David Audretsch, David Storey en Gavin Reid spelen als EIM-fellow een bijzondere rol in deze verspreiding van kennis.